Fert forskar inom den kondenserade materiens fysik och utnämndes till professor i fysik 1976. Med sin forskargrupp var han verksam vid Laboratoire de Physique des Solides 1970–95. Sedan 1995 är han vetenskaplig ledare för en fysikgruppering som finansieras av det franska forskningsrådet CNRS och av Thales Group.