Medelhöjden är 1 500 m ö.h. Vissa toppar och pass är dock högre än 1 800 m ö.h. Mellan Anti-Atlas och Höga Atlas i norr löper en aktiv förkastningszon. Här ligger vulkanen Jabal Siroua (3 304 m ö.h). Anti-Atlas består av paleozoiska bergarter och är av äldre ursprung än övriga Atlasbergen.