Vajpayee var son till en lärare i furstestaten Gwalior och studerade vid universitet i Indien. År 1941 var han kortvarigt medlem av det ultranationalistiska RSS (Rashtriya Swayamsevak Sang) men övergick året därpå till kongresspartiets föregångare INC. Vajpayee var 1951 en av grundarna av partiet Jana Sangh och