Atos bildades 1997 genom fusion av två franska IT-företag och har sedan vuxit genom ett antal ytterligare sammangåenden, bl.a. förvärvades den brittiska SchlumbergerSema-koncernen 2004 och 2011 slutfördes uppköpet av Siemens IT Solutions and Service. I samband med Siemensaffären bytte företaget namn från Atos Origin S.A. till det nuvarande namnet.