Basel ligger vid floden Rhen, helt nära tregränsmötet mellan Schweiz, Tyskland och Frankrike. Rhen delar staden i två delar: Kleinbasel i nordöst, där hamnen och de flesta industrianläggningarna finns, samt Großbasel, söder om Rhen, som hyser stadens äldsta delar och utgör dess kulturella och kommersiella centrum.