Biwasjön ligger på Honshu, nordöst om Kyoto, i en tektoniskt betingad sänka med största djupet 104 m. Den totala vattenvolymen är 27,5 km³. Biwasjön avvattnas av floden Yodogawa till Osakabukten. Flera buddhisttempel ligger vid sjön. Denna förorenas alltmer från jordbruk och industri; siktdjupet har minskat till 2–3 m.