Fontana assisterade Bernini och deltog i arbetena med bl.a. Flavio-Chigi-palatset (1664–67) och Petersplatsens ordnande. Han avslutade Carlo Rainaldis Santa Maria dei Miracoli (1679) vid Piazza del Popolo, och med San Marcello al Corso (1682–83) trädde han fram som kompetent fullbordare av de högbarocka idealen.