Den rinner söderut från Blue Ridge Mountains i Georgia till östra delen av Mexikanska golfen, bildar gräns mellan delstaterna Georgia och Alabama och mottar tillflödet Flint. Därefter flyter floden genom västra Florida och kallas då Apalachicola. Flera stora vattenreservoarer för bevattning och elproduktion finns i Chattahoochee, t.ex. Seminole- och Hardingedammarna.