Beroende på var i kedjan hydrolysen sker skiljer man på exonukleaser och endonukleaser. Exodeoxiribonukleaser spjälkar i 5′- eller 3′-ändan av DNA, varvid i båda fallen fosfomononukleotider bildas. Endodeoxiribonukleaser spjälkar inne i DNA-kedjan, antingen vid 3′-sidan av fosfodiesterbindningen eller vid 5′-sidan. Produkten av endonukleaser är en blandning av DNA-fragment med olika