Företaget grundades 1995 av fransk-amerikanen Pierre Omidyar (född 1967). 2002 förvärvades det globala betalningssystemet PayPal. År 2005 förvärvades Internettelefonibolaget Skype Technologies S.A. Köpen var ett led i eBays strävan att göra betalningarna säkrare samt att effektivisera kommunikationen mellan köpare och säljare.