EMA:s viktigaste uppgift är att granska ansökningar om godkännande inom EU av nya läkemedelsprodukter och närstående medicinska produkter. EMA anlitar därvid två s.k. rapportörsländer, av vilka en är huvudrapportör, och utredningen sker vid dessas läkemedelsmyndigheter. EMA lämnar sin rekommendation till EU-kommissionen, vars beslut gäller hela EU samt Norge och Island.