Förutom laboratoriet i Heidelberg finns även forskningsstationer i Hamburg, Grenoble och Hinxton, Storbritannien. Vid EMBL bedrivs forskning om cell- och molekylärbiologi, där även utveckling av utrustning, tekniker och teknologi ingår. Även bioinformatik (biologiska beräkningsmetoder) har blivit ett viktigt redskap i forskningen. Vid EMBL hålls också kurser understödda av EMBO eller