Emmanuelle Haïm utbildades vid Conservatoire Supérieur de Musique et de Danse i födelsestaden Paris. Hon inriktade sig tidigt på barockens musik som assistent och cembalist i ensemblen Les Arts Florissants under William Christie och Christophe Rousset. Hon var även assistent åt Simon Rattle innan hon år 2000 bildade sin egen barockensemble med instrumentalister