För att endokardit skall uppkomma måste innerhinnan vara skadad. Skadan kan vara medfödd, t.ex. en missbildad hjärtklaff, eller förvärvad, t.ex. förändringar orsakade av arterioskleros eller inopererade hjärtklaffproteser. I dessa förändringar fastnar fibrin och bakterier – det bildas s.k. vegetationer på hjärtklaffen. Dessa kan påvisas med ekokardiografi (ultraljudsundersökning). Endokardit kan orsakas av