Öpik utbildades vid universitetet i Moskva med examen 1916. Åren 1921–44 arbetade han vid observatoriet i Tartu, med ett avbrott 1930–34 då han gästade Harvardobservatoriet i USA. Efter andra världskriget slog han sig ned i Armagh i Nordirland, där han verkade på observatoriet praktiskt taget resten av sitt liv.