Uppfostrad av jesuiter gynnade Ferdinand II motreformationen och bekämpade protestantismen både i sina österrikiska arvländer, där universitetet i Graz blev ett motreformatoriskt centrum, och i Böhmen och Ungern, där han valts till kung 1617 respektive 1618. I detta styrktes han av sina jesuitiska biktfäder, vilkas inflytande på hans allmänna politik