Märkningen kan vara kollektiv, då ett (ofta stort) antal fiskar märks på ett identiskt sätt, exempelvis genom bortklippning av en viss fena (t.ex. fettfenan på laxsmolt) eller del av en fena, respektive individuell, då varje individ förses med ett (ofta numrerat) märke. Valet av märkningsmetod styrs av undersökningens