Ciliernas funktion är att driva fram ett slemtäcke över epitelytan, att åstadkomma en vätskeströmning eller att fungera som en krypsula. Flimmerepitel kan bestå av celler med endast en cilie, till exempel hos nässeldjur och tagghudingar, eller av sådana med flera cilier. Cilierna rör sig i viss ordningsföljd (metakront), någon gång