Flygstaben har omorganiserats ett antal gånger; 1994 lades den gamla Flygstaben ned och funktionerna ledning och stab för flygvapnet ingick i det nybildade Högkvarteret. Efter beslutet att återinrätta försvarsgrensstaber återinvigdes Flygstaben 2019. Den är förlagd till Uppsala garnison och leds av flygvapenchefen.