Fortifikationsverkets huvuduppgift är att tillgodose totalförsvarets, och då främst Försvarsmaktens, behov av försvarsfastigheter och att vara expertmyndighet inom skydds- och anläggningsteknik. Verksamheten omfattar anskaffning, underhåll och drift samt avyttring av fastigheter. Detta innebär att Fortifikationsverket i regel köper eller bygger försvarsanläggningar och fastigheter som Försvarsmakten sedan hyr.