Bojsen var medlem av Folketinget 1869–1901 och efter partisplittringen 1878 ledare för Moderate Venstre. Under författningskampen samarbetade Bojsen i viss utsträckning med Jacob Estrup och de konservativa och deltog 1894 i en politisk uppgörelse som banade väg för parlamentarismen och systemskiftet 1901.