Gary Ruvkun studerade biofysik vid University of California i hemstaden Berkeley och disputerade 1982 i biofysik vid Harvard University. I avhandlingsarbetet identifierade Ruvkun gener avgörande för kvävefixering hos kvävefixerande bakterier. Han upptäckte också att generna var evolutionärt konserverade, det vill säga att de återfanns hos avlägset besläktade bakterier.