Under evakueringen av Ostpreussen fördes ca 7 000 flyktingar och sårade soldater ombord på Goya 16 april 1945 i hamnen i Hela (nuvarande Hel). Hon avgick på kvällen tillsammans med två mindre fartyg mot Köpenhamn under eskort av två minsvepare. Utanför fyren Rixhöft (nuvarande Jastrzębia Góra) träffades Goya av två torpeder