Gregorius IX:s påvetid dominerades av konflikter med kejsar Fredrik II. År 1231 skilde han den påvliga inkvisitionen från den biskopliga och överlämnade den åt dominikanerna. Kättare borde enligt honom kunna dömas till döden av den världsliga makten. Gregorius IX utgav 1234 den så kallade Liber extra, den intill 1800-talet gällande samlingen påvedekret.