Clausen blev professor i statskunskap vid Aarhus universitet 1969 och överbibliotekarie vid statsbiblioteket i Aarhus 1984. Han var medlem av Folketinget 1987–97 och talman 1989–93. Clausens parlamentariska karriär var sensationellt snabb. I Schlüters regeringar var han kulturminister 1986–88, kommunikationsminister 1987–89 och justitieminister 1989. Som historiker förnyade Clausen den metodiska debatten