Heliopolis huvudgud Atum identifierades tidigt med solguden Re. Fetischen Benben (obeliskens förebild), fågeln Fenix (Benu) och tjuren Mnevis hade här lokala kulter. I Heliopolis framväxte ett teologiskt system runt en grupp av nio gudar, ledd av Atum, som representerar den primära skapelsemyten i Egypten.