Hematoxylin användes redan före 1520 i Amerika för färgningsändamål och därefter även i Europa, huvudsakligen för textilier. Sedan 1860-talet har hematoxylin i kombination med eosin använts för färgning av celler och vävnad för undersökning i ljusmikroskop. Hematoxylin färgar framför allt cellkärnorna, men även bl.a. mitokondrier, slemsubstanser, kalciumföreningar, hemoglobin, kollagen, elastiska