Honorius III deltog i det misslyckade femte korståget 1217–21 liksom i korståg mot morerna i Spanien och mot albigenserna (jämför korståg). Han krönte Fredrik II 1220 men fann sig snart utmanövrerad av denne. Honorius III godkände Dominikanorden (1216), den slutgiltiga regeln för Franciskanorden (1223) och för Karmelitorden (1226).