Innocentius XI levde ett asketiskt liv, han var frikostig mot de fattiga och bekämpade nepotism och andra missbruk. Han vägrade acceptera Ludvig XIV:s absolutistiska anspråk, vilket ledde till konflikt (jämför gallikanism). Innocentius XI ogillade också förföljelsen av hugenotterna sedan ediktet i Nantes upphävts 1685.