Trots att M. var presbyterian ställde han sig 1644 på Karl I:s sida i engelska inbördeskriget. Med en egen armé av högländare och irländare vann M. flera segrar i Skottland. Efter Karl I:s nederlag vid Naseby 1645 förlorade dock M. mycket av sitt stöd och flydde 1646 till kontinenten. Han återvände till