Som ståthållare över Rysslands besittningar i Fjärran Östern från 1903 ledde Aleksejev en exploateringspolitik mot bl.a. Manchuriet, vilket var en bidragande orsak till rysk-japanska kriget 1904. Han hade i krigets inledning det högsta militära kommandot i Fjärran Östern, men fråntogs efter motgångar detta och hemkallades.