Från 1945 skapade Trnka ett antal underfundiga sagofilmer med djup människokännedom, vilka uppskattats över hela världen. Hans sista film Handen (1965) är en allegori över konstnärens frihet och auktoritärt förtryck. Trnka är även känd som barnboksillustratör, bl.a. till svenska utgåvor av H.C. Andersen och bröderna Grimm.