Under befrielsekriget var Chissano ansvarig för Frelimos säkerhetsavdelning. Han var en av företrädaren Samora Machels närmaste medarbetare. Som president vägrade han förhandla med den sydafrikastödda motståndsrörelsen MNR och förhandlade i stället direkt med Sydafrika. Politiskt lämnade partiet Frelimo under Chissano den strikta inriktningen på marxism-leninismen, och landet blev mer öppet för