Jon Dahl Tomasson har haft en framgångsrik fotbollskarriär som spelare. Han blev redan som 18-åring proffs i nederländska SC Heerenveen, där han spelade 1994–97. Efter en sejour i Newcastle United i engelska ligan 1997–98 återvände han till Nederländerna för spel i Feyenoord 1998–2002. Med Feyenoord vann han både nederländska ligan (1999) och Uefacupen (2002).