Vid spanska inbördeskrigets utbrott 1936 förblev José Miaja lojal mot republiken. När regeringen i november 1936 flyttade till Valencia utsågs han till president för Madrids försvarsråd och lyckades stoppa nationalistsidans frammarsch i Madridområdet. Efter krigets slut 1939 gick Miaja i landsflykt i Mexiko.