Hoffmann föddes i Luxemburg, studerade biologi och doktorerade 1969 vid universitetet i Strasbourg, Frankrike. Han är sedan 1970 fransk medborgare. Efter en period i Marburg, Tyskland, återvände han till Strasbourg, där han ledde ett forskningslaboratorium 1974–2009. Åren 1993–2005 var Hoffmann chef för Institutet för molekylär cellbiologi i Strasbourg och 2007–08