Den tillämpar den kongregationalistiska kyrkoordningen, vilket innebär att varje församling hävdar sin självständighet och obundenhet och endast erkänner Jesus Kristus som överhuvud. Kongregationalismen skiljer sig från baptismen genom bruket att församlingsmedlemmarna låter döpa sina barn. Till kongregationalisterna hörde pilgrimsfäderna liksom Oliver Cromwell. Harvard- och Yale-universiteten grundades 1636 respektive 1701 som