Jonung har forskat i bl.a. penningteori, inflation och doktrinhistoria och har publicerat flera arbeten rörande utvecklingen av den ekonomiska politiken i Sverige. I den ekonomisk-politiska debatten har han företrätt en marknadsorienterad ståndpunkt, förespråkat fasta spelregler i stabiliseringspolitiken och gjort sig känd som kritiker av konkurrenshämmande regleringar. Han var 1992–94 ekonomisk rådgivare