Närbelägna sötvattenskällor (som skapade det träsk som i senare myt var tillhåll för den lerneiska hydran) bidrog till att platsen beboddes redan under neolitikum (sjunde årtusendet f.Kr.). Ca 5 000 års bosättning bildade en s.k. tell (boplatskulle), som 1952–58 grävdes ut av amerikanska arkeologer. De bäst bevarade byggnadsresterna i Lerna tillhör