Magdalena Eriksson rekryterades från moderklubben Enskede IK till Hammarby IF, där hon debuterade i A-laget 2011. Efter en tid i Djurgårdens IF 2012 gick hon över till Linköpings FC där hon spelade 2013–17. Med Linköpings FC vann hon damallsvenskan 2016, Svenska Cupen 2014 och 2015 samt spelade kvartsfinal i Champions