Genom faderns testamente fick Magnus ett hertigdöme kring norra Vättern jämte Dalsland, och under 1560-talet höll han stort hov i sin residensstad Vadstena. Han stod sin halvbror Erik XIV nära, och Erik månade starkt om Magnus, särskilt sedan dennes mentala ohälsa hade brutit ut 1563. Magnus sinnessjukdom blev efter hand