Makrofyter kan vara kärlväxter (t.ex. bladvass, starrar, bredkaveldun, jättegröe och säv), men också vattenmossor (t.ex. näckmossa) samt större alger (särskilt inom gruppen brunalger). Makrofyterna kallas ofta makroskopiska vattenväxter, och de kärlväxter som sorteras in i denna kategori kan indelas i övervattensarter (t.ex. bladvass), vattenytearter (t.ex. näckrosor), undervattensarter (t.ex. natearter och