Malia är beläget på en kustslätt och hade i forntiden goda hamnar. De äldsta bosättningsspåren är från ca 3600–1900 f.Kr., men det var först under äldre palatstid (ca 1900–1700 f.Kr.) som staden och palatset kom till. Mycket litet är synligt av den äldsta fasen; det är dock känt att det