Marinbasen finns på ett tiotal olika verksamhetsställen i landet. Dess huvudort är Karlskrona, där Marinbasens stab är lokaliserad tillsammans med marinbasbataljonens ledning, Försvarsmaktens dykeri- och navalmedicinska centrum, en sjöcentral ingående i sjöinformationskompaniet, flottans grundutbildningsbataljon, ett antal special- och transportfartyg samt bevakningsbåtar. Sjöinformationskompaniet, som ingår i Marinbasen, har sin ledning på