Martin I valdes till påve utan den bysantinske kejsarens bekräftelse. Vid en romersk synod 649 fördömde han monotheletismen (läran att i Kristus finns en vilja – en mänsklig, inte två – en gudomlig och en mänsklig), varigenom Martin I än mer föll i kejsarens onåd. År 653 fängslades han, anklagad för uppror,