Merete Ellegaard studerade oboe och dirigering vid Musikhögskolan i Göteborg samt dirigering vid Kungliga Musikhögskolan i Stockholm för bland andra Jorma Panula och Cecilia Rydinger Alin. Hon utexaminerades i orkesterdirigering år 2000 och har även deltagit i mästarkurser i USA, Tjeckien och Ryssland.