Mette Rosenkrantz var dotter till riksrådet Oluf Nielsen Rosenkrantz (född cirka 1490, död 1545) och Ide Munk (död 1586). Hon fick som ung den sedermera namnkunniga professorn i teologi Niels Hemmingsen som lärare. Rosenkrantz gifte sig två gånger och båda makarna lämnade vid sin död stora arv efter sig, av vilka