Brunets forskning koncentrerades först på homininernas utveckling i Afghanistan och Irak, men den politiska instabiliteten där förde honom till västra Afrika i sökandet efter tidiga människoarter. Efter expeditioner i Kamerun 1984 och Tchad 1993 grundade han Mission Paléoanthropologique Franco-Tchadienne (M.P.F.T.) för att undersöka ursprunget, utvecklingen och miljöbetingelserna för tidiga homininer.