Utrustning för mikrofotografi består av en belysningsenhet för preparaten (objekten), ett mikroskop samt ett kamerahus som via en ljustät tub ansluts till mikroskopets okular. De flesta preparaten görs i tunna snitt som är genomskinliga och därför bäst att fotografera i genomfallande ljus. I vissa fall accentuerar snett infallande ljus ytstrukturen