Dess officiella huvudstad var Nicaea, där patriarken hade sitt säte, där kröningarna ägde rum (den första år 1208) och där den intellektuella eliten samlades. Kejsarna residerade dock mestadels i Nymfaion nära Smyrna. Nicaeas välstånd och livskraft möjliggjorde den bysantinska återerövringen av Konstantinopel 1261.